近年來，新干縣醫保局著眼建立與醫療保險市級統籌制度相適應的醫保基金稽核、監控制度，形成了較為完善的稽核監控體系。
一是出臺了稽核檢查工作方案，不斷充實基金監督管理工作職能，設立稽核科，強化專職稽核職能。按照“誰負責費用結算、誰負責日常稽核”的原則，建立了縣內稽核與異地稽核相結合、日常稽核與專家病歷抽審稽核相結合、網絡實時稽核與實地稽核相結合、醫保醫師服務資格與醫師服務誠信度相結合、轉診轉院審批與醫療費用真實性承諾相結合制度，對醫療機構任意放寬住院指征、住院實名制落實不到位、掛床住院、哄騙患者小病大治等行為給予嚴厲打擊。
二是組織舉辦全縣定點醫療機構醫保經辦負責人政策業務培訓，進一步提高了業務人員對業務經辦、醫保費用、報銷程序等業務水平和能力。自2017年起先后組織了定點醫療機構、定點零售藥店業務經辦培訓班三期，培訓人員400多人次。
三是加強了稽核檢查力度，對醫保定點醫院每月開展3次以上的不定期檢查，跟蹤稽查和交叉稽查，及時發現和制止違反醫保協議的行為。
四是堅持完善稽查制度,加強內部監控,對每筆報銷醫療保險費都進行雙崗審核，對6000元以上外傷醫療費進行實地核查、堅持誰辦理誰簽字原則,進一步明確了責任意識。
2017年以來，共組織開展專項稽核20多次，涉及84家定點醫療機構和定點零售藥店；組織集中抽審病歷8次，處理各種違規行為12人次，處罰金額2.9萬元，6家零售被關閉醫保網絡進行整頓，停止1名醫護人員醫保服務資格。
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